Painel SRT para teste de paternidade em caprinos

Autores/as

  • Laura Leandro da Rocha Universidade Federal Rural de Pernambuco (UFRPE)
  • Amparo Martinez Martinez Universidad de Cordoba, Campus de Excelencia Internacional Agroalimentario, Espanha.
  • Juan Vicente Delgado Universidad de Cordoba, Campus de Excelencia Internacional Agroalimentario, Espanha.
  • Manoel Adrião Gomes Filho Universidade Federal Rural de Pernambuco (UFRPE)
  • Maria Norma Ribeiro Universidade Federal Rural de Pernambuco (UFRPE)

DOI:

https://doi.org/10.26605/medvet-v12n1-2160

Palabras clave:

recursos genéticos, pequenos ruminantes, microssatélites, probabilidade de exclusão.

Resumen

Acasalamentos duvidosos são uma das causas dos erros nos programas de conservação e de melhoramento genético de raças. Os testes de paternidades são ferramentas que podem contribuir para minimizar esses erros pois tem sido usados para identificar paternidade duvidosa. O presente trabalho teve como objetivo definir um painel para teste de paternidade em caprinos para auxiliar programas de conservação e melhoramento de raças. Foram genotipados 381 animais de 10 populações caprinas sendo seis ecotipos locais brasileiros e quatro raças exóticas utilizadas atualmente no Brasil (Alpina, Anglo-Nubiana, Boer e Saanen). Realizou-se nove sistemas multiplex, totalizando 27 microssatélites. Foram estimados o PIC, as probabilidades de exclusão dos marcadores e o equilíbrio de Hardy-Weinberg (EHW) nas populações, seguida de determinação da probabilidade de identidade (PI). Para o sistema de 27 microssatélites a probabilidade de exclusão combinada (PE) foi de 0,999 e 0,999 (PE1 e PE2) e, 21 microssatélites apresentaram PIC ? 0,60, onde quatro apresentaramse monomórficos em algumas populações. Para compor o novo painel foram escolhidos 9 marcadores dos quais oito comuns aos dois grupos estudados (caprinos locais e exóticos), sendo o BM1818 mais informativo nas populações locais e, o marcador BM6506 nas populações exóticas. A probabilidade de exclusão combinada com o grupo dos microssatélites foi de 0,994 e 0,999 (PE1 e PE2). Baseado no cálculo das probabilidades de identidade dentro das populações foi possível discriminar um indivíduo entre um milhão (106). Os resultados indicaram a possibilidade de empregar poucos microssatélites na investigação de paternidade em caprinos, com alto grau de confiabilidade, minimizando assim custos para o criador. 

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Citas

Belkhir K.; Borsa P.; Chikhi L.; Raufaste N.; Bonhomme F. 2004 GENETIX 4.05, logiciel sous Windows TM pour la génétique des populations. Laboratoire Génome, Populations, Interactions, CNRS UMR 5171, Université de Montpellier II, Montpellier (France). Disponível em: <http://kimura.univmontp2.fr/genetix/>. Acesso em: 07 nov. 2006. Bishop, M.D.; Kappes, S.M. A genetic linkage map for cattle. Genetics, 136: 619-639, 1994.

Bolstein, D.; White, R.L.; Skolnick, M.; Davis, R.W. Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms. American Journal of Human Genetics, 32: 314-331, 1980. Buchanan, F.C.; Adams, L.J.; Littlejohn, R.P.; Maddox. J.F.; Crawford, A.M. Determination of evolutionary relationships among sheep breeds using microsatellites. Genomics, 22: 397-403, 1994.

Carneiro, P.L.S.; Euclides, R. F.; Almeida e Silva, M.; Lopes, P.S.; Torres, R.A.; Torres Filho, R. A.; Carneiro, A. P.S. Efeito de erros de pedigree na seleção. Revista Brasileira de Zootecnia, 28(2): 269-274, 1999. Chamberlain, J.S.; Gibbs, R. A.; Ranier, J.E.; Nguyen, P.N.; Caskey, C.T. Deletion screening of the Duchenne muscular dystrophy locus via multiplex DNA amplification. Nucleic Acid Research, 16: 11141-11156, 1988.

Curi, R.A.; Lopes, C.R. Teste de paternidade em bovinos. Revista Biotecnologia Ciência & Desenvolvimento, 21: 41-45, 2001. Curi, R.A.; Lopes, C.R. Evaluation of nine microsatellite loci and misidentification paternity frequency in a population of Gyr breed bovines. Brazilian Journal of Veterinary Research and Animal Science, 39(3): 129-135, 2002.

DeNise, S.; Johnston, E.; Halverson, J.; Marshall, K.; Rosenfeld, D.; McKenna, S.; Sharp, T.; Edwards, J. Power of exclusion for parentage verification and probability of match for identity in American kennel club breeds using 17 canine microsatellite markers. International Society for Animal Genetics. Animal Genetics, 35: 14-17, 2004.

Dzialuk, A.; Chybicki, I.; Burczyk, J. PCR Multiplexing of nuclear microsatellite loci in Quercus species. Plant Molecular Biology Reporter, 23: 121-128, 2005.

Edwards, M.C.; Gibbs, R.A. Multiplex PCR: advantages, development, and applications. Genome Research, 3: S65-S75, 1994.

FAO. Secondary Guidelines for Development of National Farm Animal Genetic Resources Management Plans: Measurement of Domestic Animal Diversity (MoDAD): Recommended Microsatellite Markers, FAO. Rome. 2004. Disponível em: <http://www.fao.org/3/a-aq569e.pdf>. Acesso em: 10 nov. 2010.

FAO. Food and Agriculture Organization of the United Nations. (2008). DOMESTIC ANIMAL DIVERSITY INFORMATION SYSTEM. Disponível em: <http://dad.fao.org>.http://www.fao.org/ag/a gainfo/programmes/es/A5.html . Acesso em: 10 nov. 2010. FAO. Guidelines for development of National Management of Farm Animal Genetic Resources Plans: Measurement of Domestic Animal Genetic Diversity (MoDAD): recommended microsatellite markers. Rome, Italy, 2004.

Giacomoni, E.H.; Fernández-Stolz, G.P.; Freitas, T.R.O. Genetic diversity in the Pantaneiro horse breed assessed using microsatellite DNA markers. Genetics and Molecular Research, 7: 261-270, 2002.

Guo, S.W.; Thompson, E.A. Performing the exact test of Hardy-Weinberg proportions for multiple alleles. Biometrics, 48: 361-372, 1992.

ISAG - International Society for Animal Genetics. (2002). Disponível em: <http://www.isag.org.uk 2002>. Acesso em: 12 dez. 2007.

ISAG - International Society for Animal Genetics. (2016). Disponível em: <http://www.isag.org.uk 2016>. Acesso em: 15 jan. 2017.

Jamieson, A. The effectiveness of using codominant polymorphic allelic series for (1) checking pedigrees and (2) distinguishing full-sib pair members. Animal Genetics, 25: 37-44, 1994.

Li, M.; Zhao, S.; Bian, C.; Wang, H.; Wei, H.; Liu, B.; Yu, M.; Fana, B.; Chen, L.; Zhu, M.; Li, S.; Xiong, T.; Li, K. Genetic relationships among twelve Chinese indigenous goat populations based on microsatellite analysis. Genetics Selection Evolution, 34: 729-744, 2002.

Lins, T.C.L.; Soares, C.N.; Guimarães, C.S.; Ribeiro, M.A.N.; Diener, P.S.A.; Ferreira, M.E.; Gattaplaglia, D. Diversidade alélica e desempenho forense de um conjunto de multiplex de 11 marcadores microssatélites em populações bovinas de Nelore e Gir (Bos indicus). Genomax: Tecnologia Genômica, 2006.

Luikart, G.; Biju-Duval, M.P.; Ertugru, O. Power of 22 microssatelite marker in fluorescent multiplex for parentage testing in goats

(Capra hircus). Animal Genetics, 30: 431438, 1999.

MAPA. Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento. Instrução Normativa. n. 74. 2004. Disponível em: <http://extranet.agricultura.gov.br/sislegisconsulta/consultarLegislacao.do>. Acesso em: 15 jan. 2007.

Marshall, T.C.; Slate, J.; Kruuk, L.; Pemberton, J.M. Statistical confidence for likelihood – based paternity inference in natural populations. Molecular Ecology, 7: 639-655, 1998.

Marshall, T.C.; Sunnucks, P.; Spalton, J. A.; Greth, A.; Pemberton, J.M. Use of genetic data for conservation management: the case of the Arabian oryx. Animal Conservation, 2: 269278, 1999.

Martínez, A.M.; Carrera, M. P.; Acosta, J.M.; Rodriguez-Gallardo, P.P.; Cabello, A.; Camacho, M.E.; Delgado, J.V. Genetic characterisation of the Blanca Andaluza Goats base on microsatellite markers. South African Journal of Animal Science, 34(1): 17-19, 2004.

Martínez, A.M.; Vega-Pla, J.L.; Bravo, M.J.; Barba, C.; Caraballo, J.; Delgado, J.V. Caracterización genética de la oveja Palmera con microsatélites. Archivos de Zootecnia, 54: 363-367, 2005b.

Martínez, A.M.; Vega-Pla, J.L.; Lozano, J.M.; Carrera, M.P.; Acosta, J.M.; A. Cabello. Caracterización genética de la cabra Murciano-Granadina con microssatélites. Archivos de Zootecnia, 54: 327-331, 2005a.

McClure, M.; Sonstegard, T.; Wiggans, G.; Van Tassell, C.P.; Imputation of microsatellite alleles from dense SNP genotypes for parental verification. Frontiers in Genetics, 3: 140, 2012.

Menezes, M.P.C.; Martínez, A.M.; Ribeiro, M.N.; Pimenta Filho, E.C.; Bermejo, J.V.D. Caracterização genética de raças caprinas nativas brasileiras utilizando 27 marcadores microssatélites. Revista Brasileira de Zootecnia, 35(4): 1336-1341, 2006.

Mommens, G.W.; Coppieters, A. Dinucleotide repeat polymorphism at the bovine MM12E6 and MM8D3 loci. Animal Genetics, 25: 368, 1994. Moore, S.S.; Byrne, K. Characterization of 65 bovine microsatellites. Mammalian Genome, 5: 84-90, 1993.

Oliveira, J.C.V.; Ribeiro, M.N.; Rocha, L.L.; GomesFilho, M.A.; Delgado, J.V.; Martinez, A.M.; Menezes, M.P.C.; Bettencourt, C.M.; Gama, L.T.; Rocha, L. L. Genetic relationships between two homologous goat breeds from Portugal and Brazil assessed by microsatellite markers. Small Ruminant Research, 93: 79-87, 2010.

Paetkau, D.; Calvert, W.; Stirling't, I.; Strobeck, C. Microsatellite analysis of population structure in Canadian polar bears. Molecular Ecology, 4: 347-354, 1995.

Pariset, L.; Savarese, M. C.; Cappuccio, I.; Valentini, A. Use of microsatellites for genetic variation and inbreeding analysis in Sarda sheep flocks of central Italy. Journal of Animal Breeding and Genetics, 120: 425232, 2003.

Park, S. D. E. Trypanotolerance in West African cattle and the population genetic effect of selection [Ph.D. thesis]. University of Dublin. 2001. Raymond, M.; Rousset, F. Genepop: populations genetics software for exact tests and ecumenicism. Journal Heredity, 86: 248249, 1995. Schlötterer, C.; Tautz, D. Slippage symthesis of simple sequence DNA. Nucleic Acids Research, 20: 211-215, 1992.

Silva, E.C. da; McManus, C.M; Paiva Guimarães, M.P.S.L.M de P.; Gouveia, A.M.G.; Facó, O.; Pimentel, D.M.; Caetano, A.R.; Paiva, S.R. Validation of a microsatellite panel for parentage testing of locally adapted and commercial goats in Brazil. Genetics and Molecular Biology, 37(1): 54-60, 2014.

Thieven, U.; Solinas-Toldo, S. Polymorphic CAmicrosatellites for the integration of the bovine genetic and physical map. Mammalian Genome, 8: 52-55, 1997.

Tommasini, L.; Batley, J; Arnold G.M; Cooke, RJ; Donini P; Lee D.; Law, JR; Lowe C; Moule C.; Trick, M.; Edwards K.J. The development of multiplex simple sequence repeat (SSR) markers to complement distinctness, uniformity and stability testing of rape (Brassica napus L.) varieties. Theoretical and Applied Genetics, 106: 1091-1101, 2003.

Usha, A.P.; Simpson, S.P.; Williams, J.L. Probability of random sire exclusion using microssatelite markers parentage verification. Animal Genetics, 26: 155-161, 1995.

Vaiman, D.; Mercier, D.; Moazami-Goudarzi, K.; Eggen, A.; Ciampolini, R.; Lépingle, A.; Velmala, R.; Kaukinen, J.; Varvio, S.L.; Martin, P.; Levéziel, H.; Guérin, G. A set of 99 cattle microsatellites: characterization, synteny mapping, and polymorphism. Mammalian Genome, 5: 288-97, 1994.

Vieira, J.N.; Texeira, C.S.; Kuabara, M.Y.; Oliveira, D.A.A. Importância de teste de DNA para verificação de parentesco em Búfalos (Bubalus bubalis). Pubvet, 5(2): 999-1004, 2011.

Wagner, H. W.: Sefc, K. M. Identity. 1999. Disponível em: <http://www.boku.ac.at/zag/identity>. Acesso em: 10 nov. 2008.

Waits, L.P.; Luikart, G.; Taberlet, P. Estimating the probability of identity among genotypes in natural populations: cautions and guidelines. Molecular Ecology, 10: 249-256, 2001.

Yang, L.; Zhao, S.H.; Li, K.; Peng, Z.Z; Montgomery, G.W. Determination of relationships among five indigenous Chinese goat breeds with six microsatellite markers. Animal Genetics, 30(6): 452-456, 1999.

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Publicado

2018-10-30

Cómo citar

da Rocha, L. L., Martinez Martinez, A., Delgado, J. V., Gomes Filho, M. A., & Ribeiro, M. N. (2018). Painel SRT para teste de paternidade em caprinos. Medicina Veterinária, 12(1), 52–61. https://doi.org/10.26605/medvet-v12n1-2160

Número

Vol. 12 Núm. 1 (2018)

Sección

Produção Animal

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